Naruto erscheint in Japan seit 1999 wöchentlich in Einzelkapiteln im Manga-Magazin Weekly Shōnen Jump des Shueisha-Verlags. Diese Einzelkapitel werden auch regelmäßig in bisher 40 Sammelbänden zusammengefasst.

Auf Deutsch erschien der Anfang der Manga-Serie von 2001 bis Dezember 2005 im mittlerweile eingestellten monatlichen Manga-Magazin BANZAI! des Carlsen-Verlags. Seit 2002 wird die Serie auch in Taschenbuchform veröffentlicht, zunächst in drei- bis viermonatigem Erscheinungsrhythmus, seit der Einstellung des BANZAI!-Magazins monatlich oder zweimonatlich. Bisher sind 28 Taschenbücher erschienen.

Naruto wird unter anderem auch in Frankreich, Italien, Spanien, Norwegen, Schweden, Polen, Indonesien und den USA veröffentlicht.